تضمن إدارة دعم البعثة التشغيل اليومي السلس للبعثة بما يتوافق مع الأنظمة المالية للاتحاد الأوروبي.

تُشرف إدارة دعم البعثة وتُنسّق الأنشطة التالية: المالية، والمشتريات، والتعاقد، والموارد البشرية، واللوجستيات، والنقل، ونظام الاتصالات والمعلومات.

يشمل القسم أيضا تطوير البرمجيات، ومساعد إدارة سجلات واحد يحتفظ بسجل منظم ومُرتّب لأنشطة البعثة.